Cette technique de massage est liée à la théorie médicale chinoise, car elle appréhende la santé du corps humain de manière globale : les évènements se conditionneraient les uns les autres.  
Ainsi, un mal de tête ne serait pas une chose que l'on doive enrayer sans prendre en compte son origine, ou que l'on puisse traiter de manière identique d'une personne à l'autre.

En effet, cette vision, qui se base sur l'énergétique chinoise du Yin et du Yang, voudrait que les maladies soient dues à un blocage d'énergie (Chi). Ces perturbations dans le déplacement du Chi peuvent se traduire par des dérèglements : ainsi,  certaines zones du corps manquent d'énergie là où d'autres en regorgent ; c'est ainsi qu'apparaissent des dysfonctionnements, à l'origine de certaines maladies.
Le traitement consiste alors à ajouter de l'énergie là où elle manque, et d'en enlever là où elle est en excès. Le masseur peut être ainsi amené à travailler sur les bras, sur les jambes, sur la tête ou même sur l'ensemble du corps.

Le Shiatsu est aussi lié à l'acupuncture car cette thérapie se base sur les « points de pression » : shi signifie doigts et atsu pression. Le corps comporte selon la médecine traditionnelle chinoise un certain nombre de points spécifiques (les « Tsubos »), situés le long des méridiens du corps. C'est en les stimulant et les manipulant à l'aide des doigts, des paumes, des poings, des coudes, des avant-bras, des genoux, et parfois même des pieds que le masseur thérapeute peut dégager et stimuler l'écoulement de l'énergie.

Le Massage Shiatsu a des vertus préventives : les zones réflexes du corps traduisant le dérèglement de l'énergie des organes et fonctions vitales bien avant que ceux-ci ne manifestent leur souffrance, on peut ainsi empêcher l'apparition de maladies. .
Le massage Shiatsu peut être associé à une autre thérapie médicale, il en amplifiera alors l'action bénéfique.

Le Shiatsu aide à lutter contre les migraines, insomnies, vertiges, fatigue générale, allergies.
Il est évident que les bienfaits physiques ont une répercussion sur le mental. Le massage Shiatsu élimine le stress et les tensions, revitalise l'organisme entier, favorise la souplesse des tissus musculaires et peut contribuer à soulager de nombreux troubles (rhumatologie, gynécologie, psychologie, respiration, digestion.).